该剧改编自猫腻同名畅销小说，承接上季，范闲（张若昀 饰）率领使团回归途中，二皇子以费介、范思辙以及滕家遗孤的安危来威胁范闲，逼他向自己俯首称臣，二人的矛盾就此激发。范闲所面对的抱月楼迷局，以及接踵而至的春闱危机，都是二皇子精心给范闲布下的陷阱。　　范闲与林婉儿如愿大婚，紧接着，范闲接手内库，却发现内库负债累累。 范闲拒绝了庆余堂大掌柜的相助，决定靠自己的力量解决内库危机，范闲相约城中众商贾相聚苍山，以售卖“库债”为机筹集了两千多万银两，解决了内库空虚问题。　　悬空寺上，庆帝遭遇三连刺杀，范闲出手相救却导致武功全废。危机四伏，压力陡增，范闲别无选择，他必须以这样的身体下江南，挑战庞大的势力与既定的游戏规则，以求彻底夺回内库。

1995年，缉毒警林强峰（段奕宏 饰）结束卧底生涯，为追查毒品线索调任西港市禁毒支队。彼时，走私商卢少骅（秦昊 饰）一夜间倾家荡产，却也因此发现冰毒的巨大利润，心生邪念成为一名制毒师。数年间，林强峰带队投身这场扫毒风暴，而卢少骅则辗转国内外潜藏行踪，成为最大毒枭……最终，以林强峰为代表的缉毒警不辱使命，力破卢少骅诡诈的毒网阴谋。

特工队拼死收集的证据一夜之间被盗走，抓到的罪犯也因证据不足而无罪释放，成员们一切努力付诸东流。 在此关键时刻，大本营内部再受重创，美怡死于非命。 组织内部有鬼，让队员们开始互相猜忌，一时间人心惶惶、军心涣散。 组织核心成员不得不再次出动，最终寻回黄金夜壶。